Servis & Projekty
Rutinní proteomické analýzy
Naše skupina zajišťuje servisní proteomické analýzy založené na hmotnostně-spektrometrické detekci. Poskytujeme následující proteomické analýzy:
- Analýza intaktní hmoty
určení molekulové hmoty proteinů či oligonukleotidů pomocí MALDI-TOF or ESI-TOF
- Identifikace proteinů
zahrnující též charakterizaci proteinových komplexů z gelu i z roztoku
- Charakterizace posttranslačních modifikací
fosforylace, acetylace, methylace atd.
- Kvantifikace proteinů
relativní kvantifikace (label-free, SILAC)
Specializované servisní analýzy
V naší skupině se též zabýváme zavedením nových strukturně-proteomických přístupů.
- nativní MS
- proteinové kovalentní značení
- proteinové zesíťování
- vodík-deuteriová výměna s MS detekcí
Tyto komplementární metody umožňují studovat proteinové struktury a charakterizovat nejen interakce mezi proteiny, ale také interakce proteinů s jinými biologickými molekulami.
Projekty
Naše skupina je zapojena v mnoha výzkumných projektech, v rámci kterých zajišťujeme proteomické analýzy založené na MS. Tyto projekty se zabývají například výzkumem virové infekce hepatitidou B nebo analýzou změn proteomu závislých na aktivitě rhomboidu.
Ve vlastních výzkumných projektech se zabýváme:
- Analýzou lipoproteinů/lipopeptidů a membránových proteinů
Separace a identifikace lipoproteinů/lipopeptidů je poměrně náročná vzhledem k omezené rozpustnosti lipo-modifikovaných segmentů ve vodných roztocích, které se používají v rámci standardních proteomických pracovních postupů výhradně. Proto se zaměřujeme na implementaci nových pracovních postupů ke zvýšení výtěžku lipo-modifikovaných a hydrofobních segmentů proteinů.
- Aplikací strukturně-proteomických metod pro studium životního cyklu retrovirů
Ačkoliv je životní cyklus retrovirů celosvětově velmi intenzivně zkoumán, stále nejsou objasněny veškeré mechanismy, které retroviry v hostitelské buňce využívají. To se týká především interakce nově vzniklých virových částic s buněčnou membránou před jejich vypučením z hostitelské buňky. K objasnění mechanismu, který retroviry v tomto kroce využívají, aplikujeme metody strukturní proteomiky, především proteinové zesíťování a metodu vodík-deuteriové výměny.