Skupina Josefa Cvačky
EN

Servis & Projekty

Rutinní proteomické analýzy

Naše skupina zajišťuje servisní proteomické analýzy založené na hmotnostně-spektrometrické detekci. Poskytujeme následující proteomické analýzy:

  • Analýza intaktní hmoty
            určení molekulové hmoty proteinů či oligonukleotidů pomocí MALDI-TOF or ESI-TOF
  • Identifikace proteinů
            zahrnující též charakterizaci proteinových komplexů z gelu i z roztoku
  • Charakterizace posttranslačních modifikací
            fosforylace, acetylace, methylace atd.
  • Kvantifikace proteinů
            relativní kvantifikace (label-free, SILAC)

Specializované servisní analýzy

V naší skupině se též zabýváme zavedením nových strukturně-proteomických přístupů.

  • nativní MS
  • proteinové kovalentní značení
  • proteinové zesíťování
  • vodík-deuteriová výměna s MS detekcí
Tyto komplementární metody umožňují studovat proteinové struktury a charakterizovat nejen interakce mezi proteiny, ale také interakce proteinů s jinými biologickými molekulami.

Iontová mobilitní spektrometrie (IMS) amyloidu beta (1-42). Označeny jsou jednotlivé nábojové stavy monomeru a oligomerů Aβ42.
Fosforylasa B značena pomocí D2O ve dvou časových bodech (20 sekund a 2 hodiny). Získaná data byla vynesena do struktury fosforylasy B a stupeň deuterace identifikovaných oblastí byl vyjádřen v barevné škále od modré po červenou. Nepokryté oblasti proteinové sekvence jsou značeny šedě.

Projekty

Naše skupina je zapojena v mnoha výzkumných projektech, v rámci kterých zajišťujeme proteomické analýzy založené na MS. Tyto projekty se zabývají například výzkumem virové infekce hepatitidou B nebo analýzou změn proteomu závislých na aktivitě rhomboidu.

A) Celkový iontový chromatogram naměřený pro vzorek myšího lyzátu. Fragmentační spektrum molekuly s retenčním časem 48,81 min je zobrazené v červeném obdelníku. B) Volcano plot znázorňující rozdíly ve vazbě všech proteinů buněčné linie na dvě varianty vazebného proteinu, HBe-HA (vlevo) a HBe3CA-HA (vpravo). Rozdíly jsou doplněny statistickou významností (grafické znázornění výsledku studentova t-testu). Publikováno v Zábranská et al., The FEBS Journal, 2021.

Ve vlastních výzkumných projektech se zabýváme:

  •     Analýzou lipoproteinů/lipopeptidů a membránových proteinů
Separace a identifikace lipoproteinů/lipopeptidů je poměrně náročná vzhledem k omezené rozpustnosti lipo-modifikovaných segmentů ve vodných roztocích, které se používají v rámci standardních proteomických pracovních postupů výhradně. Proto se zaměřujeme na implementaci nových pracovních postupů ke zvýšení výtěžku lipo-modifikovaných a hydrofobních segmentů proteinů.

Fragmentační spektrum myristoylovaného peptidu GVGSK získané pomocí CID a HCD fragmentačních technik. V případě HCD fragmentační techniky byly detekovány dva indikátorové fragmenty b0 (m/z 211,205) and b1 (m/z 268,227) obsahující kyselinu myristovou.

  •     Aplikací strukturně-proteomických metod pro studium životního cyklu retrovirů

    Ačkoliv je životní cyklus retrovirů celosvětově velmi intenzivně zkoumán, stále nejsou objasněny veškeré mechanismy, které retroviry v hostitelské buňce využívají. To se týká především interakce nově vzniklých virových částic s buněčnou membránou před jejich vypučením z hostitelské buňky. K objasnění mechanismu, který retroviry v tomto kroce využívají, aplikujeme metody strukturní proteomiky, především proteinové zesíťování a metodu vodík-deuteriové výměny.